餐的时候，福建水师送来了另一个消息，根据之前海战所俘获的海盗交代，下午在海上交手的第二波海盗船是由十八芝首领之一的郑芝莞指挥，而郑芝莞本人的坐船已经在交战中被海汉舰队用火炮击沉，估计是不太可能生还了。至此十八芝的首领中已经有三人战死，三人被擒，这个战果已经足以让福建官府对朝廷和兵部都有所交代了。
入夜之后，许心素为首的福建军方高层也全部在马公港登陆上岸，与海汉指挥人员磋商接下来的行动安排。
“明天我们会派出两支舰队继续往北进行追击，杜绝十八芝回头的可能。”颜楚杰言简意赅地说道：“另外希望明军能够配合我们对岛上展开地毯式的搜索，把可能隐匿在岛上的海盗残余分子清理干净。”
“颜将军放心，虽然水师在海战中出不了多大的力，但在岛上搜捕海盗一事，本官定会亲自督办，务求将残敌一网打尽！”许心素立刻拍着胸脯表了态。
尽管双方这次是用混编的方式组织了联合舰队，但真正开打的时候，也只有几艘从海汉购买的新式战船在一线参与了战斗，而明军水师的其他船只都只是在外围控场捡漏。许心素出钱出力，也是抱着锻炼自己亲军的念头，不过十八芝主力都已经逃了，接下来显然没什么大仗可以练兵了，也只能把这搜岛的差事当作主要任务了。
当天晚上，又陆续有人赶到马公港的联军驻地投诚，其中还夹杂着好几个福建官府安插在澎湖这边的探子。根据这些人所提供的情报，联军指挥部基本可以确定十八芝的主力已经撤离了澎湖，乘船北上前往琉球的某处岛屿。而目前仍然滞留在澎湖列岛上的十八芝人员，至少还有四五千人之多。不过剩下这些人里面已经没有多少穷凶极恶之徒，在缺乏组织的情况下也难以再有什么的像样的抵抗出现了。
5月2日凌晨，石迪文和罗杰各自率领舰队驶离了马公港，他们的任务是向北追击十八芝的船队，确保他们不会再半路杀个回马枪。但因为已经过去了一夜时间，十八芝的船队至少已经逃出去五六十海里远，饶是海汉舰队的航速较快，想要在短时间内追上十八芝的船队也不太现实了。因此王汤姆给他们下达的任务并不是死
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