对于朝廷来说，从弘治以后，朝廷的财政状况就一落千丈，再加上军费开支浩大，朝廷更不可能出钱来支持关中的水利建设，这就使得不但没有新建水利设施，更是使得维护原有的水利设施就难以为继的。
这点朱载坖是很清楚的，不过之前的旱灾使得朱载坖认为此事必须要提上日程了，朱载坖当即命令工部、都水监和地方官府，首先查看当年汉唐的水利工程，有哪些堪用并且能够修复的，立即组织人手予以修复，所需要的钱粮由朝廷调拨，同时也要勘察新的水利工程，尤其是在西安府附近，关中的中部和东部地区均属西安府辖境，此区平原更加平坦开阔，自然地理条件更优于其西部地区，故在水利建设方面要得到重视。
除了这些朝廷组织兴修的水利工程之外，还有百姓自发组织的水利工程，主要是所谓的井灌，也就是打井灌溉，井灌是穿凿汲取地下水的一种灌溉方式，主要出现于引用河流、泉源等地表水所不及的地方。故井灌是地表水引灌的重要补充，现在在渭南、富平等地已经比较流行了，渭南县城东关的北崖下有多处泉水，当地居民引资灌溉，同时当地居民又利用崖下地地下水较浅的条件，凿井灌溉，打井一丈就可以取水了，朱载坖命令州县也要组织打井，提高百姓抵御旱灾的能力。
除了关中之外，在河西等地区一样要新修水利工程，重点是甘肃等地，之前杨博巡抚甘肃的时候，大兴屯田与水利，修筑肃州榆树泉水及甘州大芦泉等多处，开凿龙首渠等诸渠，成效是不错的，杨博曾经上疏朝廷称：“河西事且大者，莫过于屯田一事。遂即案行守、巡、兵、备四道，各将境内荒芜田地，通行查出，或上下水利不通，应该挑浚；或人力牛种不敷，应该处给；或从来抛荒未种，应该开垦。”
朝廷现在要经略西域，日后要经略青藏，河西、陇右都是极为重要的地方，如果全靠外地转运粮秣，根本无法持久，所以在当地屯田，增加军储，就是非常之重要的事情了，所以朱载坖决定循杨博当年的旧例，继续在河西地区兴修水利，在杨博巡抚甘肃之前，河西地区至少约有七分之一的渠道因年久失修而淤废。因此，嘉靖之前因淤塞渠坝长期得不到维护
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