日军虽然撤走了，游击队却因为缺少海军舰船，也没有能够真正的控制这座城市，直到菲律宾战役开打，美国海军出现在菲律宾海域迫使在南洋的日本海军几乎全部撤离，古晋附近海面没有了日本海军军舰游弋后，兰夏合众国军队才完全占领古晋，并将其设为自己的首都。
陈海生带领的缅甸海军，在古晋近海补充了生活物资后，亲自率领“清迈号”、“仰光号”轻巡洋舰，“腊戍号”、“丹老号”、“景栋号”、“当阳号”、“老街号”、“马高号”、“吉灵庙号”等七艘驱逐舰和三艘潜艇攻打纳土纳岛，还有两艘运兵船，装载了兰夏合众国的士兵一起出海，其余舰船则留在古晋海域等候消息。
四二年太平洋战争爆发后，日本海军在望加锡海峡战役中击败美、澳、荷海军组成的联军后，正式占领纳土纳群岛，将其归于于日本南海厅，取代荷兰对该地区的控制。
攻占该岛后，日本陆军将其交由海军管制，日本海军在该岛建立了??潜艇基地??，用于支援其在南海和马六甲海峡的军事行动，供潜艇部队经过时补给物资之用，岛上平时只有数艘小型炮艇，以及负责基地维护、通讯、防空和守卫的海军士兵，总数量不到五百。
这一时期纳土纳岛上的居民只有两万多人，华人占了90%，剩下的都是马来人。
日本海军的潜艇基地位于岛南部一个叫拉贡岛的北部，和本岛只有大约四公里的间隔距离，位置相对比较偏僻，要攻击它就得从两座岛之间的狭窄海峡绕进去，好像宽度只有1.5公里。
为了防止基地里面还有日本潜艇，到达拉贡岛南部三十公里后，陈海生就让己方的三艘潜艇先行前进，进入海峡，监视基地日军动向，若发现日军潜艇，就进行鱼雷攻击，同时为己方舰队预警。
陈副司令的担心显然是多余的，此时这个日本海军潜艇基地基本上已经半废弃了，已经有半年时间没有潜艇前来维修或者补给了，基地里负责维修潜艇的技术人员，也在莱特湾海战结束后，全部被抽调到其他地方去了，基地里只有三百余留守士兵和三艘炮艇，以及数艘小型的运输船。
原本预定的大战根本就没有发生，基地里的留守日军，在看到
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