航战舰的战力来说，郑芝龙除非发动大规模的海战，否则几乎不能产生什么威胁。海军在图上推演中，扮演郑芝龙一方的很少能够在台湾海峡捕捉到运输船队经过。换句话说，在当时的通讯航海水平下，郑芝龙就算存心要开打，也不见得能捕捉到战机。
但是，若是要在台湾本岛靠岸停泊，势必要出入台湾沿海港湾，郑芝龙就会有很多作战机会了。这一点是要放入考量中的。
大家认为，在台湾开设基地是有必要的――从开发价值来看，台湾高于海南。但是到底选额哪里作为中转基地有不同的意见。被列入选择的有多处，包括鸡笼、台南、花莲、高雄等处。
西班牙人占据的鸡笼、淡水被首先否决。尽管鸡笼附近有丰富的矿产资源，有著名的基隆煤矿和金瓜石金铜矿，但是开发难度很大，而且地理环境极其恶劣。需要投入大量的人力物力进行整治。
当时人的记载对此地也无好评：“鸡笼(Kelang)及淡水(Tansoei)并非优良之碇泊地,加上附近之番人凶恶,无法交往。”、“君不闻鸡笼、淡水水土之恶乎？人至即病，病辄死。凡隶役闻鸡笼、淡水之遣，皆欷歔悲叹,如使绝域；水师例春秋更戍，以得生还为幸。彼健儿役隶且然,君奚堪此。”
鸡笼、淡水都位于台湾北部,这里是全岛降水最丰富的区域,每年降水量在3000毫米以上。在通常年份,台北有半年时间都在下雨。雨水过多的区域有利于植物和微生物生长,但不利于人类。因而明清时期的福建人将台北称为瘴疠之地,移民在当地的死亡率很高。把中转地基设在这里，死亡率是可想而知了。
台湾北部在1694年还有一次大地震。强度之大直接在台北盆地内震出了一个30平方公里的台北湖。无论从哪个角度来看，台北地区都不是穿越众应该涉足的地点。
花莲也得到了很多人的支持。花莲的优势是安全性极高。它偏处台湾东部，与台湾岛的其他地方又山脉阻隔。周围地形险峻，大多数地区都不适合船舶停靠，沿岸大多是非常陡峭的海岸地形，只有河口有停船的地形。只要在河口建立基地，从其他地方根本无法登陆。
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