仁这样的权臣芒刺在背，何况它还是自己的敌人！
因为东林的关系，温体仁早就与复社早就势如水火，崇祯六年六月，温体仁当上首辅后不久，他的弟弟温育仁指使宜兴人吴炳作了一本《绿牡丹传奇》，影射复社的各种丑恶现象，温育人还命人将此书改编成剧本，搬上舞台四处演出。
此事闹得很大，惊动了张溥和张采。二张为此专程奔赴浙江，会见了提督学政黎元宽。黎元宽随即下令毁禁此书，并追究作者责任，将温育仁的家人逮捕入狱。此事过后，温体仁第一次意识到张溥的实力，他虽然已经下野了，却仍能遥控朝政。便下决心要铲除复社。
这年秋天，太仓歉收，二张写了一篇《军储说》，对救荒政策发表议论。苏州府推官周之夔指责二张“悖违祖制，紊乱漕规”。周之夔是福州人，亦曾加入过复社，与东林的钱谦益、瞿式耜友好，主讲过垆册书院。他因为自己名气高而自负，不被复社其他成员所接受。后与张溥结怨。
然而他的弹劾并没有起到作用，到了崇祯八年七月周之夔被罢免。周之夔认为自己下台是复社运作的结果，十分气愤，于是写了一篇《复社或问》，对复社和二张进行控诉。九年五月，太仓人陆文声又控告二张“倡复社，乱天下”，温体仁趁机周之夔和陆文声的控告送有关部门审议，想借机兴大狱。
但是温体仁显然错误估计了“通天教主”的势力。提学御史倪元珙、海道副使冯元飏、太仓知州周仲连拒不执行命令，不惜降职，进行保护，使温体仁的计划遇到了挫折。
这件事使得他对复社的能量有了充分的认识，也因此坚定了要铲除复社的心思。