没有发生，终于在康熙三年六月，张煌言见复明无望，在南田的悬嶴岛解散义军，隐居海岛不出。
然而，七月十七日，清军通过叛徒找到张煌言隐居地，夜半渡岛，张煌言同部属罗子木、侍僮杨冠玉等人被抓。
九月七日，张煌言被清军杀害于杭州弼教坊。当他赴刑场时，大义凛然，面无惧色，抬头举目望见吴山，叹息说：“大好江山，可惜沦于腥膻！”就义前，赋《绝命诗》一首。
而且临刑时，他拒绝跪而受戮，“坐而受刃”，时年仅四十五岁。监斩官见杨冠玉年幼，有心为他开脱。
杨冠玉却断然拒绝道：“张公为国，死于忠；我愿为张公，死于义。要杀便杀，不必多言。”言罢跪在张煌言面前引颈受刑。
张煌言死后由鄞县万斯大等人与和尚超直收尸，并由张煌言外甥朱湘玉到总督衙门买回首级殡敛，并遵照他在《入武林》诗品所表示的愿望，把他葬于杭州南屏山北麓荔枝峰下，成为与岳飞、于谦一同埋葬在杭州的第三位英雄，后人称之为“西湖三杰”。
然后生前的友人叶振名登越王岭遥祭忠魂，撰祭文将张煌言与罗纶二人并称为“张司马二客”。清国史馆为其立传，《明史》有传。
乾隆四十一年清高宗命录前朝“殉节诸臣”，并加以褒谥和祭祀。张煌言被收入《钦定胜朝殉节诸臣录》。清廷对张煌言加谥“忠烈”，且将其牌位入“祀忠义祠”，得享定期供祭。
然而死后殊荣，对于张煌言来说，不如毕生所愿能实现！
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