清了以魏忠贤为首的阉党集团。
能够不动声色的一举铲除魏忠贤，一直是崇祯自我标榜的人生得意之作。然而，正是由于过分欣赏自己的才干，过度迷信自己的能力，却让他从自信变得自负，最后变得刚愎自用。魏忠贤死后，崇祯起用了倡导儒家思想的东林党人，但在国内动荡、边关危急的存亡之际，那些擅长空谈、治国乏术的文人儒将能有什么作为?
更多的他们反倒是当了卖国贼。
杨鹤对民风彪悍的起义军实行“招安”，袁崇焕与狼子野心的皇太极私下“和谈”，无不表现出东林党人的庸俗、懦弱、酸腐和无能。
尽管崇祯志向远大、励精图治、宵衣旰食、事必亲躬，但他既无治国之谋，又无任人之术，加上他严苛、猜忌、多疑，对大臣动辄怒斥、问罪、砍头、凌迟，其残忍和冷酷与魏忠贤相比，有过之而无不及。因为不相信文武百官，崇祯还频繁的调整干部，十七年间他竟然换了十七个刑部尚书和五十个内阁大学士。这种让人噤若寒蝉、如履薄冰的高压态势，造成国家人才匮乏，有心报国的志士既不肯也不敢请缨效命。无奈之下，崇祯只好培植私人势力，重新起用大批更加腐朽无能的太监，最终导致“十万太监亡大明”的历史悲剧。
崇祯十七年三月十四日，也就是他煤山上吊自杀殉国前的第五天，崇祯在大势已去、大厦将倾的绝望中，在听到太监曹化淳说的那句“忠贤若在，时事必不至此”的话之后，终于领会到了皇兄临终前强调魏忠贤“恪谨忠贞，可计大事”的深意所在。国难当头，非常时期，个人恩怨和个人私欲是不是应该暂时放一放呢?
毕竟，国祚永存，无论在什么时候都是最硬的道理。在幡然醒悟的同时，也让无力回天的崇祯在精神上彻底崩溃。收葬魏忠贤遗骸，无疑是对魏忠贤价值和功绩的重新肯定。
康熙四十年，魏忠贤墓被康熙皇帝下令夷平，这是后话。