巡城御史收埋死尸，再拨一千两银子给太医院，医治病民。然而病人、死人太多，这点银子杯水车薪，根本不够用。
即使贵为宫廷官宦，也不能幸免鼠疫的肆虐。开始宫中每死一人，还能得到四千钱的抚恤，后来，连这个钱也没了。
可以想象，这时驻在北京的明朝军队怎能幸免于瘟疫。当时在北京的明朝军队，名义上说有十来万，大疫过后，少了一半。
按一位明朝遗民张怡的说法，当时李自成的队伍杀过来时，能在京城城墙上防守的军人，连一万人都凑不齐。不但是士兵、小贩、雇工大批倒毙，北京城连叫花子都找不到了。
当时的守城将官低声下气求人来守城，“逾五六日尚未集”，朱由检下令让太监三四千人上了城墙。到了李自成兵临城下时，北京内城上五个城垛才有一个士兵，而且都是老弱病残，“鸠形鹄面，充数而已”，三月十七日李自成已经到了西直门时，京城还没什么像样的防御，而士兵们每天只有百余文钱去买粥充饥，怎能抵挡李自成的精锐之师?
有史料说，当时的明朝军队打仗时，士兵躺在地上不肯动，军官“鞭一人则一人起”，可是这个起了那个又趴下，说他们是军心涣散也罢，全无斗志也罢，或许，这都是一群半死的病人。
但是，这里仍有疑问。首先就是，李自成的队伍攻进一个大疫之城，他们自己难道不会被传染?专家对此的解释是，李自成进城的时刻恰逢其时。正好到这个时候，北京的腺鼠疫已经基本平息，而肺鼠疫，因为天气转暖，还没能流行开来。
这里要解释一下腺鼠疫与肺鼠疫。一般人们都知道，鼠疫是一种由老鼠传染的烈性传染病。具体说，是由老鼠身上所带的跳蚤，将鼠疫杆菌传染给了人。这是腺鼠疫。腺鼠疫的显着特征，就是淋巴结肿大溃烂。而肺鼠疫，常常是由腺鼠疫转化而来，表现为剧烈胸痛、咳嗽、吐血。肺鼠疫的厉害，在于它是人与人之间的传染，已经不需要老鼠作为中介。但是肺鼠疫的流行一般都是在冬天，需要在气温低的条件下。
每一种疾病，有每一种疾病的机理。腺鼠疫的流行，到了老鼠和人都死到一定程度时，它就会平息下来。这个时候李自成来了。如
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