所有恶贯满盈的汉奸一样，孙之獬同样受到了严厉的惩罚。《研堂见闻杂录》记载：“至丁亥岁，山东有谢迁奋起，攻破州县，入淄川城，首将之獬一家杀死，孙男四人，孙女孙妇三人，皆备极淫惨以毙，而之獬独缚至十余日，五毒备下，缝口支解。嗟乎!小人亦枉作小人尔，当其举宗同尽，百口陵夷，恐聚十六州铁铸不成一错也。”
顺治三年秋，山东爆发了谢迁领导的农民起义，这时孙之獬正巧衣锦还乡。农民军攻入淄川，将其活捉，五花大绑示众街市，人们在他身上遍刺针孔，插上毛发，以惩罚其献媚清廷首创剃发残害同胞的罪行，然后斩首市曹，暴尸通衢。消息传出，人们无不拍手称快，皆云罪有应得。顾炎武闻此消息，奋笔写《淄川行》以贺：“张伯松，巧为奏，大纛高牙拥前后。罢将印，归里中，东国有兵鼓逢逢。鼓逢逢，旗猎猎，淄川城下围三匝。围三匝，开城门，取汝一头谢元元。”孙之獬的死讯传到京城，顺治帝给吏部下旨，讨论抚恤之事。当场就有大臣提出：孙之獬已被削去官籍，不应当给予抚恤。顺治帝最后采用了这些大臣的建议，没有给予孙之獬任何旌表和抚恤。
呜呼，这就是以出卖祖宗和灵魂为代价来“贪慕富贵”的恶棍下场。孙之獬其人在中国历史上本称不上什么人物，却在清初做了一件让人至今为之诟骂的事情，让世人至今骂之而后快，以致成为清初官场上一个声名狼藉的人物，成了千古罪人，真可谓“恐聚十六州铁铸不成一错也”。