在京朝觐之高丽王世子为特进、上柱国，并派兵护送他回国平乱;同时派兵部侍郎里德(史书写为里德)一行出使高丽，限期高丽林衍等来京陈情，听候决断。在元朝三慑之下，高丽都统领崔坦、李延龄等以西京(今平壤)50余城归降。高丽元宗复其位，并亲自朝见忽必烈。至元七年(1270年)正月，忽必烈将高丽西京改为为东宁府(后升东宁路)，划归元朝辽阳行省。同时派头辇哥率领军队护送高丽国王父子回国，委任脱脱朵儿、焦天翼为高丽达鲁花赤(督官)。同年春，元军兵临王京(今开城)城下。此时，林衍已死，其党三别抄军首领裴仲孙等拥立王室庶族承化侯王温，退守珍岛(今南金罗道)坚持抗元。
至元八年(1271年)五月，元将领忻都率兵攻占珍岛，王温等被杀。金通精退往耽罗(今济州岛)。至元十年(1273年)四月，忻都攻占耽罗，捉拿了金通精等人。元朝遂设耽罗国诏讨司，屯兵驻守。
蒙古于高丽置征东行省，全称征东等处行中书省，由元朝直接统治。在王京(今朝鲜开城)设达鲁花赤管理征东事务及监管高丽国政;保留高丽原有政府体系，“从其国俗”、“自奏选属官”，丞相由高丽国王兼任。
此外，迁于辽阳行省沈州的“高丽军民总管府”主要负责高丽侨民事务;设于黑龙江下游奴儿干的“征东诏讨司”负责骨嵬、吉里迷等族事务;设于耽罗岛上的“耽罗军民总管府”负责防倭和高丽海外侨民事务。元朝直接统治的“高丽军民总管府”“征东诏讨司”“耽罗军民总管府”设有参知政事管理。
至元十一年(1274年)五月，忽必烈将女儿忽都鲁洁丽米斯嫁给高丽王子，六月，高丽老王逝世，王子继位。翌年，应忽必烈要求，高丽新国王改变了所有与元朝相类似的省、院、台、部等官职名称，派遣20名贵族子弟前来“入侍”元朝。
至元十七年(1280年)夏，元朝在高丽创设驿站，加封高丽王储为开府仪同三司和行省左丞相。第二年，元朝在高丽征发军士、水手25,000人，战船900艘，参加侵日战争。高丽民众不堪其扰。至元十九年(1282年)，日本侵扰高丽沿海
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