整个战争，无论是文禄之役还是庆长之役，日军凭借战略和战术优势，总是能在战争初期势如破竹，但一旦进入相持阶段，小国对抗大国的资源劣势就暴露无遗。丰臣秀吉在临死前曾叹息说：“吾不幸生于小国，兵力不足，使我不能克遂耀武八表之志，奈何！奈何！”这句话说到了要害，七年朝鲜之战，“小国”对抗“大国”，最后的结局只能赢得仓皇北顾。战祸连绵，无数日本将士暴骨海外，国内人怨不断。
《日本外史》这样总结：“趋七道之民，裹其未愈之疮痍，以入未知之地，连年无所成，致其力衰竭。”战争的挑起者丰臣秀吉更是第一个受到报应，正是因为壬辰战争中激化的文吏派和武功派不和，导致丰臣家内部分崩瓦解，最后被保存实力的德川家康取得了天下，丰臣秀吉的子孙也被杀得精光。
德川幕府吸取了秀吉的教训，熄灭了武力扩张的梦想，从一个极端走向另一个极端，躲进岛国成一统，闭关锁国整整两百年，直到“黑船”的炮声敲响了德川幕府的丧钟。朝鲜是最大受害国，壬辰战争中人口死亡近两百万，耕地损失大半，几乎在废墟中重建。整个国家大伤元气，以至于近代再次沦为日本侵略战争的牺牲品。不过，对于再造之恩的大明，朝鲜李朝视之为重生父母。满清崛起后，李朝上下皆视之为胡虏夷狄，仍然对明朝忠心耿耿，“奉明正朔”。《李朝实录》记载了朝鲜仁祖李倧写给皇太极的书信：“曾在壬辰之难，小邦朝夕且亡。神宗皇帝动天下之兵，拯济生灵于水火之中。小邦之人，至今铭镂心骨。宁获过于大国（满清），不忍负皇明。此无他，其树恩厚而入人深也。”这份感激之情一直持续到明朝灭亡后，李朝还是在内部文书上坚持用崇祯年号。朝鲜孝宗李淏甚至以光复大明天下为己任，训练军队试图北伐。