，在打倒方从哲等“斗争”中立下头功，因此名列东林骨干，在《东林点将录》中绰号“没遮拦”。
但是好景不长，后来阮大铖因为争权夺利与东林党决裂，转头就投靠了魏忠贤，成为阉党之中打击东林党的急先锋。
崇祯十七年三月，李自成破北京，毅宗山陵崩。同年五月，福王在南京即帝位，马士英执政，阮大铖得其荐举，被起用为兵部右侍郎，不久晋为兵部尚书，据《留都防乱公揭》对东林、复社诸人立意报复，大兴党狱，一时间朝野动荡。
顺治三年六月，清军渡钱塘，阮大铖见状主动剃发降清。清廷授其内院职衔，后随清兵入闽，在五通岭上突然头面肿胀，贝勒劝他留下养病，阮大铖却担心自己的新主子轻视自己，会对日后的仕途不利，于是说道：“我何病？我年虽六十，能骑生马，挽强弓，铁铮铮汉子也！我仇人多，此必东林、复社诸奸徒潜在此间，我愿诸公勿听！”
随后阮大铖又说道：“福建巡抚已在我掌握中，诸公为此言得毋有异意耶？”
于是阮大铖带病随清军南征，可谓是满清鞑子南征的急先锋，随军越仙霞岭，众将上马缓行登山，而只有阮大铖为了显示自己身体无恙，主动下马徒步而前，左牵马，右指旁边经过的骑兵，大声说道：“我精力百倍于后生！”
但是不久阮大铖便病发，“马抛路口，身踞石坐”，僵仆石上而死。当时天气炎热，阮大铖的尸体溃烂，清军见状也只是草草收殓，甚至后来都不知埋在何处。
“呵呵，刘阁老，有何指示？”
此言一出，堂上众人都投来了鄙夷的目光。
刘衍也是微微皱眉，想不到这个阮大铖果然如历史上所记载的那样，是典型的官场小人。
于是刘衍说道：“阮大铖抗拒新政，着免去其一切官职，朝廷永不录用！”
阮大铖闻言顿时傻眼，急忙为自己辩解，却被鲍羌带人赶了出去。
随后刘衍看了看大堂上剩下的南京六部官吏，语气忽然变得冷峻了起来，说道：“本公已经发落了不少六部官吏，如今各部官吏缺失严重，并且各部官吏基本上都在抗拒新政、军改之策，所以在本公看来，南京六部也就没有留存的必要了！”
此话一出，众人哗然。