四营总兵官，各统一营兵马。
至于三万多水手，以及三千多艘战船，则平均分为三支水师，号为水师左、中、右营，以施大瑄为水师左营总兵官，以施琅为水师中营总兵官，以洪旭为水师右营总兵官。
一番安排之后，众人并无异议，郑芝龙便大声说道：“好！诸位从今日开始，便开始正军备战，各营尽快完成整编，以中营各部随我前往福州驻守，其余各营，以前营驻扎在建宁府、福宁府，以后营驻扎在邵武府和汀州府，左营、右营驻扎在延平府。”
“水师中营驻扎在福宁府各处港口，水师左营、右营驻扎在台湾，防备荷兰人。”
郑芝龙的一番部署之后，众人纷纷抱拳说道：“属下领命！”