里港的小镇并不是葡萄牙人的领地，依旧算作是葡萄牙人向大明帝国租借的地方，葡萄牙总督每年需要向大明帝国支付七万银币的租金。
不过对于这个结果，葡萄牙总督布加路还是非常满意的，毕竟面对如此强势的大明帝国，葡萄牙人还能够在远东地区保留一个据点，并且维持了与大明帝国的良好关系，可以继续在远东地区做生意，这样的结果足以让布加路免去本土的责罚，甚至还可能在将来可以预见的欧洲动荡中，获得足够多的利益。
崇祯二十七年六月一日，郑成功留下东南都督府驻防军第六营驻守马尼拉城，并且留下一万日本国仆从军，继续对吕宋各地进行清剿及巡逻，自己则率领北洋舰队、东洋舰队，以及明军、仆从军主力出发，朝着爪哇方向杀去。