对于这些事情，朱载坖都一一予以安排，在这其中，新成立的军机处还是发挥了很大的作用，对于军务的处理，军机处还是比较有效率的，一般都能够当日给出意见，提请圣裁，同时朱载坖也频繁的召见军机大臣们，或者有时候整天在军机处与军机大臣们一道处理政务，得到决定之后，军机处可以直接使用急递迅速的将上谕或者是军机处的命令向各部或者是相关衙门予以传递，效率确实是比之前高多了。
同时朱载坖也在完善内阁和军机处的各种职权，内阁是负责处理朝廷日常事务的部门，主要是负责政务的处理，而军机处主要是负责军务的处理，两者之间是有明确的界限的，同时军机处的保密程度更好，保密措施也更加严谨，这点也是军务的特殊性的所决定的。
在之前的改革中，朱载坖通过练兵军务处将原本属于兵部的对官军的指挥调度之权收归皇帝，然后又通过军机处将镇协和卫所官军统一到一起，加强了朝廷对于军务的管理，也成立了相对独立的军令机关，负责管理大明卫所和镇协官军，但是朝廷的军事改革不仅仅要收权，更加重要的就是对于军事体制的改革，卫所制度现在存在很大的弊端。
尤其是在东南，之前的抗倭战争中，东南的卫所全然无用，只能依靠募兵抵御倭寇的袭扰，谭纶在担任兵部尚书的时候就曾经说过：“比来法令废弛，行伍空虚，各该卫所官军大都桀鷔不驯，顽钝无耻，驱之戎行则恍然自失，责之城守则恬若罔闻，于是乃复以供赋之民受登陴之役，事之倒置，未有甚于此者。夫彼以积弱自名，难于不教而战，水陆之防固无望矣。至若撄城自守，力犹可为，顾又所养非所用，所用非所养，则又焉用养彼为哉？”
南方的各个卫所，几乎是全无战斗力，即便是朱载坖大力整顿之后，也只能够从南方各都司中拣选情况，以镇协官军的标准予以训练，才保证了各都司都有一支可用之兵，但是南方的都司卫所糜烂，确实已经是非常严重的问题了，在之前的备倭之战中，唐顺之、胡宗宪等人就对于大明卫所的孱弱有了很深刻的认识。
之前这些重臣们曾经向朱载坖上疏讨论过此事。他们认为：“东南事体绝与西北诸边不同，西
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