北诸边虽是兵财殚弱而成法具在，储粮恤兵，岁有画一，只是废坠不举耳。若东南事体，一则以海寇猝起，事属于草创，一则以连年被寇，力尽于支吾取办，一切未虑经久，其大者臂指相使之体统未明，唇齿应援之机宜莫辨。”
而戚继光等卫所出身的军官们对于卫所其实也是满腹抱怨，他们在讨论卫所和募兵的优劣还有东南各西北的差异的时候曾经说过：“至如浙直所募之兵则朝南而暮北，有今日在浙江应募，明日在淮扬应募者，如暂时雇倩之人，主人不得而有之，又安得而用之。军需则移东以补西，一年之财只彀半年支用，无名之费百出于民；而军人告缺四月、五月，缺粮者往往而是，大率昔人所谓不终岁之计。祖宗时备倭规制，沿海屯田水寨诸法漫然无迹可考矣。故西北诸边莫急于振旧废，东南海备莫急于定新规，此其大较也。”
这点朱载坖确实已经注意到了，在北方和南方，卫所的表现是截然不同的，北方的卫所，主要是军官们对于军屯的侵占，和卫所军户滋生繁衍之后的屯田不足问题，但是朝廷从获得一定制度弹性的卫所中、已经应募的士兵中抽调精锐，同时循着上一期募兵、募军经验继续扩大召募，将之集中训练，组成具有一定机动作战能力的营兵。东南则不同，废弛的卫所未经整顿，随之废坏的海防设施和规制需要重建，北边的募兵经验并不全然适用于东南，骤然扩大的军费开支需要经理，这使得雇佣性募兵的出现和新的财政、基层组织的改革成为必要。
换言之，北方的卫所还是具备战斗力的，主要朝廷能够解决卫所的军屯和保障士卒们待遇，北方的卫所还是能够迅速恢复一定的战斗力的，同时朝廷在北方卫所中征募士卒等一系列工作也比较顺利，但是在南方问题则相对复杂，南方的军户不愿待在卫所中，对于应募参军的热情也不高，同时南方卫所的糜烂程度也更甚，这点确实是非常令人头疼的问题。
所以在对于兵制的问题上，东南和西北呈现出两种截然不同的态度，北方的各个都司卫所经过整顿之后，将多余军余抽调组建新卫所，落实给军户的军屯，保障脱产士卒的待遇之后，成为朝廷镇协官军的有力补充，卫所官军在
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