北方很得力，使得朝廷能够将镇协官军作为机动兵力予以征调，和隆庆以来对于卫所的整顿有很大的关系。
但是在南方，基于抗倭以来的经验，南方官员们对于整顿卫所并没有多上心，他们认为客兵异地作战缺乏保卫乡土的意愿，不仅不受当地官府节制而且有剽掠所得的物质利益，以致浪费朝廷财政资源和扰乱地方社会秩序，所以东南上下对客兵多持反对意见。乡兵在军事上具有保卫乡土的防御意愿而缺乏前往邻近地区的协防意愿，粮饷上处于自备、官养的两难之境，时间上因农业生产的季节与倭寇入侵时间相合而难以寓兵于农。所以在管理、选择、训练、赏罚上完全由官府主导的募兵成为合适的选择。
他们主张废卫所，行募兵，但是在朝廷上此事的反对声浪一样是很大的，都司卫所乃是大明祖制，怎么可能轻易废除，朱载坖对此也是不能赞同的，但是南北方对于此事的争论越来越大，加之南方在整顿卫所军屯的过程中，卫所和地方的矛盾频发，使得地方官府认为卫所是御敌无方，扰民有术。