这是涉及到朝廷军制大问题，即便是朱载坖也不能够随意决定，朱载坖决定先和太子等一道在内阁召集辅臣、部院重臣，在京四品以上官员和科道御史等一道商量此事，对于现在地方官府和卫所的矛盾，其实主要就是在整理军屯过程中发生的，在北方，卫所要强势的多，同时北方卫所军屯侵占主要就是本卫的军官们，朝廷对于这些人是有办法处理的，在朝廷实施卫所军官更戍之后，对于军官侵占军屯的情况，已经算是得到了一定程度的遏制。
同时北方的人地矛盾没有那么尖锐，朝廷还将北方大量的卫所和军余自己迁移到了边疆和新收复的地区，这就是使得这些卫所的军屯得以空置出来，朝廷得以将这些多余出来的军屯土地调拨给其他卫所使用，所以在北方，卫所和地方官府的冲突，相对没有那么激烈，同时北方由于边防任务较重，所以对于都司卫所有所倚仗的，在这种情况之下，北方各都司还能够和地方官府和睦相处，矛盾相对没有那么大。
而在南方就完全不一样了，首先南方地狭人稠，人地矛盾本身就相对比较严重，即便是地方官府，也根本没有多余的土地给卫所，而且和北方卫所的情况不同，南方的卫所军屯，受到隐没、侵占的军屯情况的更加复杂，除了卫所军官对于这些军屯的侵占之外，还有当地百姓侵占，地方豪强的侵占，都是客观存在的事实，对于朝廷来说确实是更加难以解决的。
同时朝廷对于军屯追缴，使得地方官府极为头疼，一方面是朝廷要求将被隐没、侵占的军屯全部追缴的严令，同时卫所在朝廷的支持之下也要求将之前被隐没的军屯追回，另一方面是地方官府对于这些是极为头疼的，因为不仅仅牵涉到地方的百姓，还有这些地方的士绅，往往为此导致卫所、官府、士绅之间不断地打官司。
而地方官员对于这些事情是极为头疼的，从地方官员的角度哦，这些田地无论是在地方的士绅们手中还是在百姓手中，起码是可以增加地方的赋税的，但是要是在卫所手中，军屯籽粒是不归地方官府掌握的，虽然本色征收在地方官府，但是这些籽粒都是要上缴军储，以供卫所和镇协官军的军储军粮的，所以从地方官府的自身的角度而
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