统计，至少2万华侨被杀。
马尼拉忧心明廷报复
大量屠杀华侨对菲律宾本土经济产生致命影响，物资匮乏、经济萧条。当局财政状况严重恶化，甚至需要借贷度日。西班牙人忧心中国商船不再到来，会令遥远的美洲受到波及。更大的恐惧是，他们担心明朝政府会进行报复。西菲当局紧急加强战备，但军队士气低落，口粮严重不足。殖民者只能心惊肉跳地等待，马尼拉笼罩在绝望和萧条气氛中。1604年6月，一批对前途悲观的富人离开马尼拉，举家迁往墨西哥。
西班牙驻菲律宾总督阿库尼亚一面做些表面工作，如部分发还华侨商人的财产，发动幸存者给国内写信，企图证明西班牙殖民者“清白”;一面派特使奎瓦携带致广东、福建两省巡抚和其他官员的函件，于1603年12月10日乘船前往澳门，并趁机刺探中国有否进攻菲律宾打算的军事情报。考虑到澳门的葡萄牙人对中国比较了解，阿库尼亚还写了几封信，详述华侨起义事件，并附上致中国官员函件的副本，让奎瓦分发给澳门的司令官、主教、在政务方面有着较大发言权的耶稣会教士等。
奎瓦一行因遭遇风暴于1604年2月折返马尼拉，2月25日又由150名西班牙士兵和一名神父陪同再赴澳门。但葡萄牙人出于打击贸易竞争对手的考虑，始终未将函件转交中国方面。
万历王朝做出荒唐决定
奎瓦等抵达澳门的消息传到漳州，有经常往来漳州和马尼拉的中国富商到澳门与其会见，答应把函件转交中国官员，设法动员华侨继续贸易。奎瓦在澳门了解到，明朝政府已获悉屠杀事件，但全国平静，没有集结舰只进攻马尼拉的迹象。获得这个重要情报后，奎瓦购买了一批军事物资，于5月回到马尼拉。
奎瓦带回的消息令西菲当局忧惧大减，但直至1605年5月，西班牙人望眼欲穿的华商船只仍难觅踪影，相反却从澳门传来消息，中国已经集结一支军队，准备前来兴师问罪，一时间又使西班牙人惊惧不已。
事实上，尽管明朝当局了解了事件真相，但它一贯把移民国外的华侨视为贱民，因此仅写了一份《谕吕宋檄》，于1605年5月底、6月初由中国贸易
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