（虽然后续证明未死），导致碇真嗣彻底绝望，拒绝再驾驶初号机。
随后，第十使徒来袭，绫波丽为了创造一个「真嗣不用再战斗的世界」，抱著N2炸弹与使徒同归于尽却被吞噬。
真嗣在极度的悲伤与愤怒下，不顾一切驾驶初号机想要救出绫波丽，却阴差阳错地触发了初号机的「神化」进程，引发了波及全球的「第三次冲击」。
无论本体的最终目的是利用第三次冲击的能量潮汐达成某种目的，还是阻止它发生以维持这个世界的某种「稳定性」，亦或是单纯为了攫取「神化」过程中的宝贵数据，陈瑜都必须在此之前，获得足以影响局势的筹码。
而这个筹码的基础，就是完成属于他们自己的EVA的初步构建。
获得EVA的生物样本和核心图纸，已从「长远目标」升级为「紧迫任务」。
陈瑜关闭了维度通讯，目光落在面前关于三号机修复方案的初步报告上。
修复过程，尤其是涉及核心生物组织的修复，必然需要动用NERV最核心的生物技术，甚至可能需要调用来自中央教条区莉莉丝本体的细胞组织进行催化或修补。
这是一个绝佳的机会。
他迅速调整了策略。
一方面，他以优化「基路伯」武器对EVA潜在影响评估为由，要求更深入地参与三号机的修复工作，特别是生物组织的活性监测部分。
另一方面，他指示潜伏在MAGI系统中的AI病毒，提高对生物样本库访问记录、材料调取清单以及相关核心图纸调用日志的监控级别，寻找可乘之隙。
同时，他也开始密切关注几位驾驶员的精神状态。
明日香的恢复情况、定真嗣在经历此次事件后的心理变化、以及波丽与碇源堂之间那微妙而危险的连接，都成为他评估「那件事」发生概率的重要参数。
他知道，留给他的时间窗口正在不断缩窄。
他必须像最精密的仪器一样运作，在NERV严密的监控体系下，于修复三号机的复杂流程中，找到并抓住那个获取关键样本的瞬间。
所有的铺垫，所有的伪装，都将在那一刻接受检验。
为了本体的计划，也为了在即将到来的风暴中掌握主动权，他必须成功。